mvv59, для начала неплохо бы сообщить версию прошивки ккт, ФФД и еще раз убедиться, что при регистрации были указаны оба СНО. В последних прошивках есть опция (в таблице 17) запрета произвольной СНО.
Если дело не в этом, то нужно убедиться, что 1С передает нужную СНО, а не ЕНВД (например).