Было у меня, когда пропал один чек в Петере. Ну, т.е. его не было видно в статистике. Но, если зайти в поиск чеков и набрать номер ФД, то он находится. Но, если сделать запрос на формирование отчета за период или как он там называется, то этот чек не будет учтен и сумма будет неправильной. Вот такой вот косячок может возникнуть, если не перепроверить суммы. Попробуйте найти этот ФД через поиск.
Хотя, скорее всего, его (вашего отчета) нет, потому что он не в этот ОФД улетел.