serg-nn, проверь ролики сепаратора. Они не должны вращаться по ходу движения банкнот.
Зазор между ними и фидерными роликами должен быть достаточен, чтобы с небольшим натягом проходил торец одной банкноты, но не давал проходить двум сложенным банкнотам вместе.