ratan, в банк на счёт организации\ИП на которого касса зарегистрирована?
Если так то по этому поводу главный проверяющий страны (Бударин) говорил, что сделайте в договоре купли-продажи через сайт пункт в котором оговорка, что платёж считается совершенным по мере поступления выписки из банка и когда ваша бухгалтерия получила выписку вы пробиваете по кассе чек электронными.
Если вы хотите что бы касса вам автоматом чеки с сайта пробивала тут есть куча всяких других приложений от того же яндекса например. Клиент оплачивает на сайте и сразу вам касса чек печатает.