На форуме Атола пишут : C выходом в 1С управляемых форм и началом использования NativeAPI. Драйвера стали хранить в бинарном виде в макетах конфигурации.
При подключении устройства используется DLL ( в данном случае Scaner1C.dll), которая распаковывается из бинарного макета конфигурации, копируется во временные файлы профиля пользователя и там(!) регистрируется. А не та библиотека которая находиться в C:\Program Files\ATOL\Drivers\Bin. Возможно что зарегистрированная таким образом библиотека просто "не знает" как работать с драйверами Guardant
В данном случае дабы исключить "вмешательство" встроенной в 1С библиотеки подключение внешней компоненты желательно производить через ProgID (перед этим желательно переустановить драйвера Атол, для формирования корректных записей в реестре).