BarCodeFX Читаешь все коды в неё, создаёшь список в ней и формируешь файл вывода. Это первое что в голову приходит.
Можно немного автоматизировать ручной вывод в самом ЧЗ. Там при формировании документа вывода можно включить фильтр по КИ. Я как то подобную процедуру делал - считывал сканером в блокнот марку, потом копипастом переносил в фильтр, находил так товар. Ну а дальше проще.