Если с другим сканером 1С работает, то открыть блокнот и сосканировать в него по очереди марку рабочим сканером и не рабочим. Сравнить результат. Вполне возможно, что у вас запрограммированы дополнительные префикс/суффикс. Понять и отключить лишнее. Старая марка имеет длину 68 символов, новая 150. Все проги эту длину контролируют.