Знакомая тема...
Связано с некорректным перехватом клавиш, то ли в платформе, то ли в драйвере сканера.
Нал - ENTER, ,безнал - CTRL+ENTER( второй вид оплаты).
Почему-то 1с не видит что в буфер посылается CTRL, видит только ENTER.
Можно попробовать настроить безнал на третий вид оплаты, но тогда придётся перепрограммировать клаву.
Правда не уверен что поможет...
Попробуйте заменить драйвер сканера на 7.14(или 7.4)т.е. на более старый.
Но на одном компе я и сам так и не смог добиться устойчивости - убрал кнопку 'По Карте', включил обязательный выбор оплаты, переключают стрелками вручную.
Замечено, что такая проблема на быстрых компах, с SSD-винчестером.