Коллеги, поделюсь опытом, как поборол проблему в этом странном ЛК Sigma клиента. Как я уже писал выше, новая услуга создавалась со старой СНО. Услуги в каталоге были навалом, то есть без категорий. А как я только создал новую категорию, туда подтянулась уже новая СНО. Далее, в каждой услуге я поменял поле со значением "без категории" на наименование новой категории, после чего, СНО автоматически менялась на нужную (ту, на которую была зарегистрирована ККТ).
То есть, в ЛК Sigma клиента за СНО отвечает категория (группа товаров).
Как все мутно и не логично, на мой взгляд конечно.
P.S. Поразмышлять в направлении категории, меня сподвиг ответ kassadm, спасибо ему за это.