На какой отчет конкретно ругается? Обычно НИ пишет что то типа "введите данные закрытия ФН" или "введите данные перерегистрации". Из моей практики на закрытие влияют ИНН, зав. номер ККМ, зав. номер ФН, рег. номер, ФД, ФП, а также дата и время. На перерегистрацию те же параметры только добавляется ИНН ОФД. Всякие "галочки" на формирование ФП не влияют. Сравнивай что у тебя в карточке ККМ в ЛК НИ и что в отчетах.
P.S. У меня пару раз было что менялся ОФД, а в НИ о замене не сообщали.